На улицах Нью-Йорка растет преступность, но вдруг появляются четверо странных существ, спасающих тех, кто нуждается в помощи.
Это 15-летние подростки-мутанты, черепашки-ниндзя! Их наставник, крыса-переросток Сплинтер, был когда-то человеком Хамато Йоши, главой клана ниндзя.
В результате цепи событий, приведшей к мутации черепашек и Хамато, на улицах мегаполиса появляется ловкая команда тех, кто выступает на стороне добра и справедливости.
Их главная цель – одолеть старого врага Сплинтера Ороку Саки по прозвищу Шреддер и инопланетянина Кренга, существо в виде мозга с щупальцами, покорившего галактику в измерении X.